There should be topics on that, may be ListLenght method?
https://kevintshoemaker.github.io/NRES-746/Occupancy.html
Occupancy models are used to help estimate true occupancy of a species, also known as the latent state (z). They can assist with accounting for imperfect detection of organisms in a study, and help us determine the true occupancy and the detection probabilities of the species at the site. Because detecting wildlife species is not done with 100% accuracy, we can use occupancy models to help us determine the proportion of times that we don’t detect the species and either the species is truly not there or the species is there, and we just did not detect it. Therefore, occupancy models can help us determine the uncertainty in our detection.
https://forum.inaturalist.org/t/spatial-data-completeness/41390/4
Libellengemeenschappen van Vlaamse poelen, vijvers en meren (Maxime Fajgenblat)
https://www.kuleuven.be/wieiswie/nl/person/00134599
https://orcid.org/0000-0002-2233-1527
https://pureportal.inbo.be/nl/publications/libellengemeenschappen-van-poelen-vijvers-en-meren-in-vlaanderen-
https://forum.inaturalist.org/t/how-to-distinguish-increased-observations-of-a-species-from-overall-increased-observations/35740
https://forum.inaturalist.org/t/biases-in-inat-data/23943/84
https://forum.inaturalist.org/t/published-papers-that-use-inaturalist-data-wiki-1-up-to-2019/2859
Problems with old observations/complete lists vs current occational observations with incomplete lists
https://natuurtijdschriften.nl/pub/1023675/VLIN2023038010011.pdf
https://natuurtijdschriften.nl/pub/1000339/SchubbenEnSlijm2021013001002.pdf
https://www.vlinderstichting.nl/actueel/nieuws/nieuwsbericht/25jaarnem-een-kijkje-in-de-keuken-bij-het-meetnet-vlinders
Even voor de volledigheid (ik hoop dat deze links werken, anders probeer ik het wel anders):
-
Article about occupancy modellen: https://www.researchgate.net/publication/262830758_Opportunistic_citizen_science_data_of_animal_species_produce_reliable_estimates_of_distribution_trends_if_analysed_with_occupancy_models?ev=prf_pub
-
Article about vliegtijden butterflies: https://www.researchgate.net/publication/5616084_Bias_in_phenology_assessments_based_on_first_appearance_data_of_butterflies?ev=prf_pub
Occupancy-detection Modeling
- https://www.youtube.com/watch?v=uhCT4L6VxzI State of Dragonflies in Britain and Ireland 2021 report summary by Dave Smallshire State of Dragonflies in Britain and Ireland 2021 report summary by Dave Smallshire https://www.youtube.com/watch?v=uhCT4L6VxzI Dave Smallshire is part of the Editorial team on the State of Dragonflies in Britain and Ireland 2021 report. In this video, Dave delves into some of the findings from the report and discusses potential causes and future research needs. Read the full report on our website here:
- Dave Smallshire - Europe's Dragonflies Talk one from our Autumn Meeting which took place online on Saturday 14th November 2020. Dave Smallshire - Europe's Dragonflies Talk one from our Autumn Meeting which took place online on Saturday 14th November 2020. https://www.youtube.com/watch?v=zD7kPTBkvbE&list=PLh65JUJK7GolKCSiKQFLAI23HZlvIJ1fi
- https://forum.waarneming.nl/index.php/topic,488826.msg2495675.html#msg2495675
- `Preformatted text`
Melchior 2013 CBS
[Hallo Hisko (en anderen),](https://forum.waarneming.nl/index.php/topic,67838.msg1356531.html#msg1356531)
Vandaag ben ik op een symposium geweest van het CBS in samenwerking met het Netwerk Ecologische Monitoring in Den Haag. Het thema was Orde uit Chaos, Occupancy-modellen veranderen de natuurmonitoring. Ruim 130 mensen hebben daar gehoord hoe het mogelijk blijkt te zijn om trends van soorten te halen uit losse (niet gestructureerd verzamelde) waarnemingen (zoals op [waarneming.nl](https://waarneming.nl/)) met behulp van nieuwe statistische modellen (occupancy-modellen). Helaas heb ik daar niemand van Stichting Natuurinformatie gezien, want [waarneming.nl](https://waarneming.nl/) kwam diverse keren aan de orde. Ik vond het een zeer interessante dag die voor [waarneming.nl](https://waarneming.nl/) voor de toekomst belangrijk kan zijn.
De trends van de ontwikkeling van soorten worden tot nu toe vooral berekend aan de hand van waarnemingen uit de meetnetten van het Netwerk Ecologische Monitoring (o.a. broedvogelkarteringen, vlinderroutes, etc). Door de gestructureerde manier van monitoring worden niet alleen de aanwezigheid van soorten gemeten, maar ook de afwezigheid van de andere soorten (nul-metingen). **Het zijn juist die nulmetingen die van doorslaggevend belang zijn bij het bepalen van trends. Het verzamelen van deze waarnemingen via de meetnetten is echter erg arbeidintensief en het is gebleken dat de trends uit deze gegevens soms moeilijk te interpreteren zijn. Het verzamelen van losse, terloopse waarnemingen, zoals op [waarneming.nl](https://waarneming.nl/), neemt de laatste jaren een grote vlucht. Maar daar zitten juist vrijwel geen nul-waarnemingen bij. B**ovendien zijn er grote verschillen in methode, intensiteit en kennis van de waarnemingen/waarnemer, waardoor die waarnemingen niet zomaar te vergelijken zijn voor trendanalyses. Door middel van occupancy-modellen blijkt toch het mogelijk te zijn ook deze losse waarnemingen te betrekken bij deze trendanalyses. Het voert tever om hier precies te vertellen hoe occupancy-modellen precies werken. Ik ben ook geen statisticus. De **theorie achter het model is dat door gegevens van een gebied te gebruiken als dat in een seizoen meerdere keren bezocht zijn. Uit deze gegevens zijn trefkansen te berekenen. Deze trefkansen spelen een sleutelrol in het berekenen van trends van soorten.**
Het symposium heeft ook duidelijk gemaakt dat hoewe**l occupancy-modellen krachtige hulpmiddelen zijn, trends verreweg het beste berekend kunnen worden als er meer nul-waarnemingen verzameld worde**n. Ik denk dat [waarneming.nl](https://waarneming.nl/) daarin een grote(re) rol zou kunnen spelen. Op dit moment is het mogelijk om nul-waarnemingen alleen op gebiedsbasis in te voeren (bijvoorbeeld http://waarneming.nl/waarneming/view/74212849). Ik zou ervoor willen pleiten het mogelijk te maken dit ook op andere schaalniveau's mogelijk te maken (de standaardniveau's van [waarneming.nl](https://waarneming.nl/), dus 1000, 100 en 10 meter). Natuurlijk is het niet de bedoeling als je op een plek een Merel waarneemt, je 349 andere vogelsoorten invoert die je niet hebt waargenomen. Iedereen zal inzien dat dat geen meerwaarde heeft (en dat zal ook niet snel gebeuren aangezien het veel werk is om dat allemaal in te voeren). Het gaat meer om situaties van een vindplaats van een Groenknolorchis waar je na twee jaar terugkomt en waar die ineens is verdwenen of die kleine libellenpopulatie in dat vennetje die opeens na langdurig en gedegen zoeken helemaal verdwenen lijkt te zijn. Dat zijn de nul-waarnemingen waar je het natuurbeheer en –beleid mee verder kunt helpen.
Ik heb al eerder gepleit voor de mogelijkheden om nul-waarnemingen in te voeren. Bij deze doe ik een ultieme oproep dit mogelijk te maken.
p.s. Het viel me trouwens op dat huidige nul-waarnemingen in geen enkel overzicht terugkomen. Logisch, gezien de huidige opzet. Mochten de mogelijkheden voor nul-waarnemingen verruimd worden, zou het goed zijn als dergelijke waarnemingen ook ergens zichtbaar worden (Kan een uitdaging voor sommige mensen zijn om die soort toch terug te gaan zoeken!).
https://forum.waarneming.nl/index.php/topic,67838.msg1356531.html#msg1356531 - https://forum.waarneming.nl/index.php/topic,248778.msg1483898.html#msg1483898 Centraal Bureau voor de Statistiek en De Vlinderstichting in het Journal of Applied Ecology, 11 september 2013 online. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1365-2664.12158/abstract. https://forum.waarneming.nl/index.php/topic,248778.msg1485171.html#msg1485171
- https://www.natuurpunt.be/sites/default/files/documents/publication/herremans_-_2012_-_fenologie_goden_uit_oosten_laat_in_2011.pdf
- https://forum.inaturalist.org/t/spatial-data-completeness/41390/4
- https://forum.inaturalist.org/t/estimating-species-populations-from-number-of-users/29567/10
- https://jamesepaterson.github.io/jamespatersonblog/2020-11-09_occupancy_part2.html
- https://nsojournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/oik.08215 p: [Deriving indicators of biodiversity change from unstructured community-contributed data ](https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/oik.08215). It’s pretty much about how to overcome the biases and “messiness” of iNat data to find patterns and see change through time. I apologize that it’s not open-access - Wiley’s OA fees are prohibitive, and since this was grant-funded work we couldn’t afford it.https://x.com/giorapac/status/1404827801841061888?s=20  
- Here is the paper. It should be open access, so anyone can read it without a paywall. [https://esajournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/fee.2783 ](https://esajournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/fee.2783)
They compare butterflies reported on iNaturalist with those reported on eButterfly. They are only able to compare the coasts of the mainland US + Canada because there are too few lists posted on eButterfly from the interior of the US and Canada.
Here is the figure showing the over- and under-represented butterflies on iNaturalist: